Die Errichtung der Herz-Jesu-Kirche erfolgte in den Jahren 1898 bis 1931. Der Sakralbau sollte anlässlich des 50-jährigen Jubiläums der Thronbesteigung Kaiser Franz Joseph I. erbaut werden. Wie an vielen Orten Österreichs entstand auch in Amstetten der Wunsch, zu Ehren dieses Anlasses ein Gebäude zu errichten. Gleichzeitig machte das starke Wachstum Amstettens in diesen Jahren den Bau einer weiteren Kirche notwendig. Die lange Bauzeit, die vielen Veränderungen, die sich sowohl politisch als auch gesellschaftlich (Erster Weltkrieg, wirtschaftliche Engpässe) und im Kaiserhaus ereigneten, prägten das Schicksal des Gebäudes. Auch finanzielle Probleme stoppten den Bau immer wieder. Schließlich machte es der Salesianerorden möglich, die Kirche in vereinfachter Form fertigzustellen. Erst 1939 erhielt sie ihren heutigen Namen „Herz-Jesu Kirche“ und die Weihe zur Pfarrkirche. Im Jahr 1945 wurde der Bau bis auf die Chorapside mit einigen Wandpfeilern, schmückenden Diensten und die Südfassade zerstört und in den Jahren 1951 bis 1965 wiederaufgebaut.